Клуб научных журналистов - “Поучайте лучше ваших паучат”


“Поучайте лучше ваших паучат”
(Максим Борисов)

Пятница, 09 марта 2007 года, 8:15
Опубликовано в: Дискуссии, Популяризация, Наука, Публикации

Вдохновившись (в какой-то мере) заметкой Игоря Иванова, мы с Александром Чубенко провели такой спонтанный (возможно, в чем-то поучительный) эксперимент... Я писал заметку на тему, которая для меня темный лес (имитируя таким образом поведение "типичного" журналиста), а Александр (как бы невзирая на личности) ее в пух и прах раскритиковывал, указывая на ошибки и шероховатости, которые сразу видны взгляду специалиста.

Тут нужно, впрочем, заметить, что заметка писалась в условиях временного цейтнота, в предпраздничный день (необходимо было уже чем-то заполнить раздел науки), для уяснения и проверки материала я успевал провести только какие-то базовые действия (первоначально в моем распоряжении были два пресс-релиза и статья на данную тему в National Geographic, оригинальные статьи появились позже...) У Александра тоже цейтнот, и он не может погрузиться в эту тему всерьез (и было бы совершенно некорректно этого требовать - ведь все это так сказать "на общественных началах").

Еще имели место некоторые недоразумения: первоначально Александр решил, что я ему послал ссылку на уже опубликованный текст, а он находился еще в режиме интенсивной правки (правда, большей частью стилистической). Комментировал он не текущий на тот момент текст, а одну из более ранних версий. Ну а потом он, кажется, наоборот, не знал, что текст по сути уже опубликован (на меня успокаивающе подействовали слова о каких-то лишь отдельных шероховатостях, как я понял), и рекомендовал его вообще лучше не публиковать :-)

Так что общая просьба не относиться ко всему этому как к чему-то, что мы можем предъявить с гордостью (скорее, все совсем наоборот), и вообще считать эту тему открытой (то есть вполне актуально еще внести те изменения, которые внести необходимо, и разобраться там до конца...).

Тем не менее, по взаимному согласию, мы все-таки выкладываем это все на Научник, причем в открытый доступ... Сам текст с публикации я так и не снял, а всего лишь внес в него какую-то компромиссную (по сути, всего лишь косметическую) правку (в дальнейшем все это будет яснее). Поэтому здесь мне вот необходимо приложить тот оригинал, который существовал еще до того, как я прочел замечания Александра (ну а сама статья в нынешнем ее виде - вот она - "Болезная эволюция").

................
МБ: Да я ни в коем случае не хочу отнимать у тебя сколько-нибудь существенное время!
Право, не стоит, если только поверхностный взгляд и очевидные ляпы какие...
Собственно, я вот уже как бы и понял, что шероховатости там есть, но не совсем дико... Ну и в общем-то мне и достаточно :-)
Если что появится - то я и потом могу исправить...

АЧ: Ну, отнял - зато, надеюсь, тебе будет полезно. А мне даже интересно было поковыряться.
Изящными формулировками я себя не затруднял, и на всякий случай поясняю - отнюдь не имел ввести тебя обидеть.
Общий вывод - пиши про физику-астрономию, а если очень хочется про биологию и др. науки, о которых у тебя представления общеобразовательные - то выбирай абсолютно надежные источники. В этом - дурь на дури, да еще ты от себя добавил.
Да и автор пересказанной матмодели - физик и опубликовал в двух физических журналах - возможно, неспроста, а потому, что биологические его послали учить олбанский :))

Взятая тобой для пересказа статья – для чайников, со всеми недостатками научпопсы (начиная с написанной явно второпях фразы "…said Michael Deem, the John W. Cox Professor in Biochemical and Genetic Engineering and professor of physics and astronomy". Дим – физик-астроном, а биолог – Кокс.

[Необходимое, на мой взгляд, примечание: для меня статус Дима так и остался недовыясненным. То, что он профессор физики и астрономии, я сразу нашел и понял (возможно, именно поэтому мне и показалось все это более привлекательным в ряду прочих новостей на биологические темы :-) ). Фразу с описаниями регалий этого человека я тоже счел какой-то корявой, но воспринял ее так, что он там еще и в каком-то другом подразделении, уже у биологов (странно?). Может кто-то сможет прояснить этот вопрос? Тем более, что похожее сочетание встречается и в другом пресс-релизе Университета Райса - "Michael Deem, Rice University's John W. Cox Professor in Biochemical and Genetic Engineering and professor of physics and astronomy" - http://www.health.am/aids/more/strategy-for-aids-vaccination/ . И вот еще здесь - http://www.media.rice.edu/media/NewsBot.asp?MODE=VIEW&ID=8242 : "Antonios Mikos, the John W. Cox Professor of Bioengineering and Director of Rice's Center for Excellence in Tissue Engineering" Вот тут это дело перевели как "Антониос Микос, лауреат премии Джона У.Кокса, профессор биотехнологии и директор Райсовского центра подготовки высококвалифицированных специалистов по тканевой инженерии" - МБ ]

А ты, пересказывая, еще чуток убрал науки и добавил попы :-)
Основной недостаток твоей статьи – выбор дурацкого источника, написанного физиком, не знающим биологии, со слов физика, что-то слышавшего о ней от соавтора-биолога. Пересказ этой глупой заметки тобой (астрофизиком, да?) сделал текст еще хуже.

(Называя меня астрофизиком, Александр просто льстит: по образованию я космик, но уже свыше десяти лет не имею к этому никакого отношения, впрочем, это неважно... - МБ)

Я не стал спорить на Научнике с высказанной тобой где-то там мыслью «по своей специальности научпоп лучше не писать, потому что», но хоть специалист, может, и загнет что-нибудь кажущееся ему простым и понятным и слишком умственное для читателя, это зависит от способностей к популяризации. Хороший популяризатор такого не сделает, а изложит понятно, а слишком сложное обойдет. А не сумеет – пусть ему редактор скажет, где непонятно.
Зато если физик начнет писать о биологии, неизбежны ляпы, от умеренных до грубых. Т.к. ни аффтар, ни ты не следите за новостями биологии так пристально, как хотя бы я, и то, что мне очевидно, вы не видели или не усвоили.
Ниже – критический разбор конкретного текста, хотя, повторяю, сам оригинал – говно, и если пересказывать – то не его, а первоисточник, напр., статью из Physics Today (см. ниже), со ссылкой на нее – она в открытом доступе, в отличие от Physical Review Letters. А если ты на тему наткнулся благодаря этой заметочке – спасибо за наводку, но не более.

(На самом деле как только я действительно этого всерьез захотел, то и оригинал статьи из PRL в один момент нашел - на arXiv - Phase Diagrams of Quasispecies Theory with Recombination and Horizontal Gene Transfer. Как понимаю, они там занимались сугубо статистическим анализом, особо не вдаваясь в суть процессов, и именно поэтому публикации в физ. журналах, а не в биологических, по сути там чистая математика, лишь заставляющая отбросить или выбрать ту или иную эволюционную модель... Новизна в том, что встроили в эти модели то, что раньше не встраивалось - МБ)


(далее следует предварительный текст заметки)  

Болезненная эволюция

Гнездящиеся в нас вирусы и бактерии могут кардинальным образом ускорять эволюционные процессы, быстро перемещая фрагменты ДНК между различными разновидностями живых организмов. Столь смелый вывод был сделан американскими генетиками из частного Университета Райса (Rice University, г. Хьюстон, штат Техас, основан в 1891 году на средства филантропа Уильяма Райса). Соответствующая статья опубликована в Physical Review Letters (PRL) 29 января.

В принципе, многочисленные проекты последнего десятилетия, посвященные картированию генома, уже показали, что генная информация может передаваться таким необычным образом - то есть "переезжая" верхом на крошечных живых носителях, однако теперь биологи в своих построениях пошли еще дальше - они утверждают, что именно заражение микрофлорой и дает толчок к быстрому развитию организмов, приобретению ими принципиально новых функций и признаков.

"Переезды" фрагментов ДНК получили в специальной литературе название горизонтального генного транспорта (horizontal gene transfer - HGT). Сама мысль о возможности такого переноса (между отдельно существующими организмами, а не от родителей к потомству) появилась еще полстолетия назад, но тогда она решительно высмеивалась, и лишь появление бактерий, резистентных к испытанным лекарственным средствам, и последующие открытия (вроде идентификации специализированного белка, используемого микроорганизмами для обмена генетической информацией) уже в наше время привели к широкому признанию этой концепции. А уже искусственный "горизонтальный перенос", собственно, и лежит в основе многих методов генной инженерии. По сравнению с более привычной идеей полового отбора и случайными последовательностями "точечных" мутаций (point mutations) у всех таких трансферов есть неоспоримое преимущество: изменения в геноме, вызываемые перемещениями болезнетворных (патогенных) микроорганизмов (а также нейтральных и симбионтов), могут быть не только весьма действенными, но и определенным образом обусловленными, следовательно, они позволяют объяснить "противоестественное" ускорение эволюционных процессов в самых "проблемных" направлениях. Кроме того, каждый такой перенос сопоставим с целой серией обычных генетических мутаций, протекающих при этом еще и в чрезвычайно сжатые сроки.

Нынешний вид молекулярных цепочек, отвечающих за передачу наследственной информации, во многом определяется именно "мусорной" деятельностью микроорганизмов - это касается и человека, и животных, например, мышей, и даже пшеницы: везде присутствуют эти самые HGT-вставки. Майкл Дим (Michael Deem), специалист по генной инженерии из Университета Райса, поясняет, что подобные сигнатуры позволяют микробиологам отследить этапы развития адаптивной иммунной системы у людей и некоторых других позвоночных за последние 400 миллионов лет. "В какой-то момент вирусы и бактерии находят полезный белок или ген, и после этого он может быть передан более сложным разновидностям. Я думаю, что эти процессы могут считаться основным механизмом, за счет которого происходит приобретение [живыми организмами] принципиально новых функций", - говорит Майкл Дим.

Как известно, взгляды на эволюционное развитие (в основе которого лежит теория Дарвина) в науке тоже "эволюционируют", приобретают определенную глубину, обрастают деталями, изложение конкретных аспектов теории становится все более и более запутанным для людей непосвященных. На настоящий момент собрано множество удивительных фактов. Так, например, анализ ископаемых останков показывает, что одноклеточные организмы появились на Земле приблизительно 3,5 миллиарда лет назад (едва ли не на заре существования Солнечной системы, которой не более 5 миллиардов лет). Однако потребовалось долгих 2,5 миллиарда лет на то, чтобы на нашей планете развились первые многоклеточные организмы. Наконец, еще за миллиард лет эти первые многоклеточные организмы, проэволюционировав, породили все то многообразие форм растений и животных, которое мы наблюдаем сейчас. За счет чего же темпы эволюционных процессов могли увеличиваться столь кардинальным образом?

По мнению группы профессора Дима (которая занята сейчас внедрением статистических методов, применяемых в физике, в молекулярную биологию - отсюда, видимо, и публикации в "непрофильном" физическом журнале), именно случаи горизонтальных переносов отдельных генов и небольших генных блоков в геномы эволюционно далеких организмов могли сыграть определяющую роль в эволюционном скачке, позволившем ранним многоклеточным организмам стремительно усложниться и достичь нынешних высот развития. "Простые организмы мы можем сравнить с отдельными элементарными кубиками игры "Лего", - объясняет Дим. - Если вы получите в свое распоряжение достаточное количество разнообразных элементов этого конструктора, то сможете собрать разные интересные структуры. Около трех миллиардов лет потребовалось только на то, чтобы получить первые элементы, но как только они были получены, работа сразу закипела: одни и те же элементы могли сопрягаться самыми различными способами". Модульная структура генов сделала их идеальным объектом для "конструирования" посредством HGT, что позволяло заимствовать благоприобретенные черты, переставлять их между различными разновидностями.

Все эти рассуждения заставляют вспомнить учение древнегреческого (сицилийского) философа, пророка и чудотворца V в. до н. э. Эмпедокла из Акраганта, которое он изложил в поэмах "О природе" и "О жизни". По Эмпедоклу, все живые существа (не только животные, но и люди) возникли из соединяющихся в Эпоху Любви независимо возникших отдельных частей тел - рук, ног, глаз, голов и т.д. В ряде случаев члены соединялись как попало (и чем вам ни конструктор "Лего"?!), так что образовывались, например, "быкородные человеколицые", но со временем выжили лишь те создания, у которых соединение членов было правильно и сообразно...

Нужно заметить, что хотя наличие аналогов всех этих надорганизменных процессов теперь уже не отрицается, все-таки однозначной оценки роли горизонтальных обменов генетической информацией в эволюции крупных животных и растений в научном сообществе нет. Некоторые ученые склонны согласиться лишь с тем, что процессы HGT существенны только для мельчайших организмов.

Так, специалист по молекулярной эволюции профессор Отто Берг (Otto Berg) из шведского Университета города Упсала (Uppsala universitet), который не принимал непосредственного участия в вышеописанных исследованиях, считает, что заключение о возможности рекомбинаций генов (переобъединения родительских генетических последовательностей) и горизонтального генного транспорта на современном этапе уже не может оспариваться, и вообще это все весьма и весьма существенно для микроорганизмов. Горизонтальные генные переносы становятся особенно действенными тогда, когда та или иная разновидность испытывает мощное давление окружающей среды - находится на грани вымирания. Например, если бактерии испытывают воздействие антибиотиков, то они должны либо выработать к ним иммунитет (так называемая антибиотикорезистентность), либо умереть - третьего не дано. Поэтому абсолютно любые благоприобретаемые черты, которые даруют им устойчивость к препаратам, могут получить в колонии самое широкое распространение - закрепляться среди всех выживших ее обитателей. "Когда популяция сталкивается с проблемой выживания или необходимостью завоевания новой экологической ниши, то генетический выбор новых функций может быть особенно прочным, и HGT тогда действительно способно играть главенствующую роль", - говорит Берг.

Источники:
Does evolution select for faster evolvers? Study: Horizontal gene transfer adds to complexity, speed of evolution - Rice University - News & Media
Evolution Getting Faster Thanks to Germs, Viruses, Study Says - National Geographic News
Study: Genetic info swapped between different species - CNET

Ссылки:
Происхождение жизни
Открыт новый механизм регуляции работы генов у бактерий


(с комментариями)  

Эволюцию подстегнули болезни

Гнездящиеся в нас вирусы и бактерии могут самым серьезным образом ускорять эволюционные процессы, быстро перемещая фрагменты ДНК между различными разновидностями живых организмов.

«в нас» – несколько сильновато сказано. Речь (в зачине этой заметке из стенгазеты!) идет об эволюции одноклеточных организмов в многоклеточные – вчитайся:

That leaves just a billion years or so for the evolution of the diverse menagerie of plants, mammals, insects, birds and other species that populate the earth.

Об эволюции многоклеточных в заметке не говорится, а в самом исследовании – тем более.

Статья в Phys. Rev. Lett. 98, 058101 (2007) Phase Diagrams of Quasispecies Theory with Recombination and Horizontal Gene Transfer, J.-M. Park and M. W. Deem http://link.aps.org/abstract/PRL/v98/e058101 -- только за деньги, но явно то же самое (может быть, популярнее) есть в январском же номере Physics Today http://www.physicstoday.org/vol-60/iss-1/pdf/42_1.pdf (прил.)

Речь там идет исключительно об эволюции микробов и вирусов! Даже в популярной статейке это ясно сказано:

New studies by Rice University scientists suggest a possible answer; the speed of evolution has increased over time because bacteria and viruses constantly exchange transposable chunks of DNA between species, thus making it possible for life forms to evolve faster than they would if they relied only on sexual selection or random genetic mutations.

Столь смелый вывод

2 не «столь смелый вывод», а «еще раз к вопросу о…»: горизонтальный перенос генов – давно известное явление: The idea was ridiculed when first proposed more than 50 years ago, but the advent of drug-resistant bacteria… Новизна этой статьи – в том, что автор включил это явление в какую-то явно умозрительную математическую модель эволюции микроорганизмов, причем про миллиарды лет назад они, кажется, и не упоминают, а имеют ввести современные процессы, в т.ч. под эволюционным давлением антибиотиков и вакцинации.

был сделан американскими генетиками

генетик (точнее, проф. биохимии и генной инженерии) – типа соавтор-консультант. Матмодель придумал голимый физик.

из частного Университета Райса (Rice University, г. Хьюстон, штат Техас, основан в 1891 году на средства филантропа Уильяма Райса). Соответствующая статья опубликована в Physical Review Letters (PRL) 29 января.

В принципе, многочисленные проекты последнего десятилетия, посвященные картированию генов, уже показали, что генная информация может передаваться таким необычным образом - то есть "переезжая" верхом на крошечных микроорганизмах,

Вирусах!

- однако теперь вот микробиологи в своих построениях пошли еще дальше - теперь они утверждают, что именно болезни дают толчок к быстрому развитию организмов,

МИКРОорганизмов! А насчет болезней – муть голубая. В исследовании речь идет об эволюции микробов под влиянием борьбы с вызываемыми ими болезнями. Аффтар упорно перевирает информацию под углом эволюции многоклеточных, а ты его глупости еще усиливаешь дополнительными акцентами.

приобретению ими принципиально новых функций и признаков.

"Переезды" фрагментов ДНК получили в специальной литературе название горизонтального генного транспорта, переноса (horizontal gene transfer - HGT).

Общепринятый русский термин, неизвестный астрофиииизикам J - горизонтальный перенос генов, без нужды в английском.

Сама идея появилась еще полстолетия назад, но тогда она решительно высмеивалась,

Решительно – это уже ты приписал для усиления эффекта. А что идея высмеивалась – на совести аффтара, который, похоже, и на показанный палец смеется. Микробиологи, как только обнаружили первые штаммы устойчивых к антибиотикам бактерий, так и открыли обмен плазмидами, несущими гены этой устойчивости. И никто ничего не высмеивал!

лишь появление бактерий, резистентных к испытанным лекарственным средствам, и последующие затем открытия (вроде идентификации специализированного белка, используемого микроорганизмами для обмена генетической информацией)

Какая фигня! Нет такого белка (и именно чтобы одного), зато есть сложный и давно известный половой процесс у бактерий, в котором участвует до фига белков. Аффтар заметки (явно о биологии что-то туманное слышавший), несет всяку чушь, а ты повторяешь.

уже в наше время привели к широкому признанию этой концепции.

Повторяю, не в наше время, а практически сразу – см. прил. книжку ак.Глазко, с. 28-29.

По сравнению с "более привычным" половым отбором и совершенно случайными "точечными" мутациями (point mutations)

точечные мутации – общепринятый термин, кавычки и английский термин не нужны. Слово «точечные» – тоже, неточечные ничем не хуже и не лучше.

у таких трансферов

у такого переноса генов, а не непонятный и не употребляемый по-русски англицизм

есть неоспоримое преимущество: ведь изменения в геноме, вызываемые перемещениями болезнетворных (патогенных) микроорганизмов (а также нейтральных и симбионтов),

опять намёки на эволюцию эукариот. То ли перевод плохой, то ли аффтар исходника жмёт на своё. В исследовании речь – о переносе генов вирусами между бактериями.

могут быть не только действенными, но и определенным образом обусловленными, следовательно, они позволяют объяснить "противоестественное" ускорение эволюционных процессов в самых "проблемных" направлениях.

Нынешний вид молекулярных цепочек,

А просто «хромосом» нельзя? А то читатель задумается, что это за цепочки…

отвечающих за передачу наследственной информации, во многом определяется именно "мусорной" деятельностью микроорганизмов

Наверное, имеется в виду примерно это:

…во многом определяется «замусориванием» ее остатками встроившихся в геном эукариот вирусов и, возможно, подхваченных ими по дороге от одного хозяина к другому участков ДНК других видов

- это касается и человека, и животных, например, мышей, даже пшеницы

«…и животных, и растений» – просто и без слюнявых глупостей. А крысы и рис чем хуже?

- везде присутствуют эти самые HGT-вставки. Майкл Дим (Michael Deem) Специалист по генной инженерии из Университета Райса, поясняет, что подобные сигнатуры

Признаки

позволяют прослеживать этапы развития адаптивной иммунной системы у людей и некоторых других позвоночных за последние 400 миллионов лет. "В какой-то момент вирусы и бактерии находят полезный белок или ген, и после этого он может быть передан более сложным разновидностям.

Специально полезные они не ищут, и не белки, а гены, и переносят их вирусы, случайно захватив кусок ДНК хозяина, и опять же в основном между бактериями http://macroevolution.narod.ru/latgentrans.htm, а бактерии – между растениями, очень редко (доказан 1 случай – http://www.cbio.ru/modules/news/article.php?storyid=1682

От хозяев (животных и человека) к бактериям – сплошь и рядом (см.прил. glazkogmo.pdf, табл. на с. 30. А с.28-след. – как раз о горизонтальном переносе). От бактерий к многоклеточным – исключительно редко:

http://www.cbio.ru/modules/sections/index.php?op=viewarticle&artid=2141

Просто вирусные гены в геноме человека – дело известное, и их роль в эволюции человека подозревается – http://www.vigg.ru/humangenome/publicat/kiselev.html :

«Дело в том, что в геноме человека и других организмов помимо собственного наследственного материала присутствуют и чужеродные геномы, например вирусов. В частности, в геноме человека обнаружены в большом количестве молекулярные "останки" вирусов (провирусы), которые когда-то давно попали в него и там остались.

Мы очень мало знаем об их биологической роли, но удивительно и крайне интересно то, что у обезьян эндогенных вирусов намного меньше или нет вообще. Получается, что по чужеродным элементам генома человек от обезьян отличается гораздо сильнее, чем по самим геномам. Это дало основание одному из известных исследователей генома, академику Е.Д. Свердлову, высказать мысль о том, что вирусы могли сыграть важную роль в "очеловечивании" обезьяны».

Я думаю, что эти процессы могут считаться основным механизмом, за счет которого происходит приобретение [живыми организмами] принципиально новых функций", - говорит Майкл Дим.

Может быть, в интервью автору заметки он это и сказал, но насчет ОСНОВНЫМ – очень преувеличивает.

[Я вообще-то как бы не имею обыкновения присваивать людям слова, которые они никак не могли сказать... Вот буквально: "For example, we can trace the development of the adaptive immune system in humans and other jointed vertebrates to an HGT insertion about 400 million years ago." "Once [viruses and bacteria] find a useful protein or gene, it can be transmitted to more complex species by [this process]," - Дим в интервью National Geographic News. Если ОСНОВНЫМ поменять на ГЛАВНЫМ, то легче не станет... - примеч. МБ ]

Как известно, взгляды на эволюционное развитие (теорию Дарвина) в науке постепенно меняются, приобретают определенную глубину, обрастают деталями, и изложение каких-то отдельных аспектов теории становится все более и более сложным для людей непосвященных. На настоящий момент собрано множество удивительных фактов. Так, например, анализ ископаемых останков показывает, что одноклеточные организмы появились на Земле еще приблизительно 3,5 миллиарда лет назад (едва ли не на заре существования Солнечной системы, которой не более 5 миллиардов лет). Однако потребовалось долгих 2,5 миллиарда лет на то, чтобы на нашей планете развились первые многоклеточные организмы. И, наконец, еще за миллиард лет эти первые многоклеточные организмы, проэволюционировав, породили все то многообразие форм растений и животных, которое мы наблюдаем сейчас. За счет чего темп эволюционных процессов мог увеличиться столь кардинальным образом?

По мнению группы профессора Дима, именно случаи горизонтальных переносов отдельных генов и небольших генных блоков в геномы эволюционно далеких организмов могли сыграть определяющую роль в эволюционном скачке,

Всяк кулик…

позволившем ранним многоклеточным организмам стремительно усложниться и достичь нынешних высот развития. "Простые организмы мы можем сравнить с отдельными элементарными кубиками игры "Лего", - объясняет Дим. - Если вы получите в свое распоряжение достаточное количество разнообразных элементов этой игры, то сможете собрать разные интересные структуры. Возможно, около трех миллиардов лет потребовалось только на то, чтобы получить первые элементы, но как только они были получены, работа сразу закипела: одни и те же элементы могли сопрягаться самыми различными способами". Модульная структура генов сделала их идеальным объектом для "конструирования" посредством HGT,

ГПГ,

и, повторяю последний раз – это абсолютно общеизвестно, только в матмодель, возможно, не вставлялось.

что позволяло заимствовать благоприобретенные черты, передавать их между различными разновидностями.

Эти рассуждения заставляют вспомнить учение древнегреческого (сицилийского) философа, пророка и чудотворца V в. до н. э. Эмпедокла из Акраганта, которое он изложил в поэмах "О природе" и "О жизни". По Эмпедоклу, все живые существа (не только животные, но и люди) возникли из соединяющихся в Эпоху Любви независимо возникших отдельных частей тел - рук, ног, глаз, голов и т.д. В ряде случаев члены соединялись как попало (и чем ни конструктор "Лего"?!), так что образовывались, например, "быкородные человеколицые", но со временем выжили лишь те создания, у которых соединение членов было правильно и сообразно. Нужно заметить, что хотя наличие аналогов всех этих надорганизменных процессов теперь уже и не отрицается, все-таки однозначной оценки роли подобных обменов генетической информацией в эволюции крупных животных и растений в научном сообществе нет. Некоторые ученые склонны согласиться лишь с тем,

Некоторые ученые несут х***ю, а большинство ученых считает их п***болами :-)

что процессы HGT существенны только для небольших организмов.

МИКРОорганизмов

Так, специалист по молекулярной эволюции профессор Отто Берг (Otto Berg) из шведского Университета города Упсала (Uppsala universitet), который не принимал непосредственного участия в вышеописанных исследованиях, считает, что заключение о возможности рекомбинаций генов (переобъединения родительских генетических последовательностей) и HGT на современном этапе уже не может оспариваться и вообще весьма существенно для микроорганизмов.

У микробов не бывает родителЕЙ. А рекомбинацией генов, как с основной хромосомы, так и особенно обменом плазмидами разные особи микробов одного, реже – разных видов занимаются постоянно, это и есть общеизвестный половой процесс. И вирусы переносят – кто ж спорит? Школьного учебника достаточно, не надо в Упсалу ехать.

Горизонтальные генные переносы

Горизонтальный перенос генов. Устойчивый термин, известный любому биологу

становятся особенно действенными тогда, когда та или иная разновидность

вид или популяция

испытывает мощное давление окружающей среды и находится на грани вымирания. Например, если бактерии испытывают на себе воздействие антибиотиков, они должны либо выработать

Антропоморфизм и, главное, ламаркизм. Они не ВЫРАБАТЫВАЮТ, а вымирают все, кроме имеющих случайные мутации, которые дают начало новым, устойчивым штаммам

к ним иммунитет (это так называемая антибиотикорезистентность), либо умереть, третьего не дано.

устойчивость, невосприимчивость, но не иммунитет – к микробам это слово (во всяк случае, по-русски) не применяется

Поэтому абсолютно любые благоприобретаемые черты, которые даруют им устойчивость к препаратам, могут получить самое широкое распространение - передаваться всем выжившим обитателям колонии.

благоприобренные признаки, и во избежание ламаркизма я бы сказал чёнить вроде «или случайная мутация, или ген, перенесенный вирусом»

"Когда популяция сталкивается с проблемой выживания или завоевания новой экологической ниши, то генетический выбор новых функций

наследование новых признаков

может быть особенно прочным, и HGT тогда действительно способно играть главенствующую роль", - говорит Берг.

Неубедительно


Что я еще могу сказать? Вообще-то я при всем желании не смог бы написать и разместить на тех же Гранях статью, идеальную с точки зрения Александра Чубенко. Ну просто потому, что то, что публикуется в неспециализированном издании, и должно быть немного "попсовым" если угодно. А еще раз к вопросу о… и некоторые аспекты - это все-таки не для широкого круга читателей, уж лучше, если будут присутствовать какие-то полуфантастические предположения (корректные в принципе и с оговорками, что это только фантазии, конечно). Плохо, если смысл оригинальной работы искажается... Плохо, если рассказ ведется о каком-то исследовании, которое не стоит подробного рассказа. Впрочем, искажения зачастую начинаются еще в пресс-релизах. Совсем не факт, что всегда будут "идеальные" новости - и интересные, и осмысленные. Выбирая ту или иную тему, мы зачастую играем в азартную игру: слишком часто то, что издалека блестит, при ближайшем рассмотрении оказывается не скажу чем... А если время и усилия уже потрачены, то слишком досадно все это выбрасывать в мусорную корзину.

UPD: Оказывается, ситуация еще более нетривиальная: у Игоря Иванова в "Элементах" опубликована месяц назад статья на тему этой же публикации в PRL - "Горизонтальный перенос генов приводит к новому режиму эволюции" (я ее почему-то не видел... а может в свое время видел, но внимания не обратил... конечно, если б осознал, ничего уже такого писать не стал :-) ). Ну и там еще несколько интересных ссылок на тему... Так что всяк, кому интересно, может делать свои выводы, если не лень во все это погружаться...




RSS feed

Комментариев: 12 »

ссылка на данный комментарий
2007-03-09 20:05:51

Кстати, мне тоже хотелось бы увидеть такую разборку своей новости от Александра Чубенко. :) Правда, собственно по биологии у меня написано мало; основной упор делался на физические, а не биологические аспекты работы.

И еще, комментарий Максиму по поводу слова “статистический”, а конкретно, путаницы терминов “статистическая физика” и “статистический анализ”.

В статье использовались методы статистической физики. Это раздел физики, изучающий динамику больших систем, состоящих из однотипных элементов. Это вполне серьезная область физики, использующая нетривиальную математику и нетривиальные физические идеи. Применение интересной статфизики в биологических моделях (именно в виде решения аналитических задач, а не моделирования на компе) — явление редкое.

Статистический анализ, по крайней мере в медико-биологических науках, это обычно не отдельное научное исследование, а компилятивное исследование — т.е. пере-анализ многочисленных чужих данных. Новых идей он обычно не содержит, а посвящен как правило обсуждению, как разные данные соотносятся друг с другом.

Так что утверждение, что группа Дима решила внедрить статистические методы обработки в молекулярную биологию, во-первых, неверно (эти методы используются в биологии испокон веков), а во-вторых, приводит к неправильному пониманию сути работы, даже у биолога.

Кстати, сравнив две статьи, я поразился больше всего тому, насколько разные тексты можно написать по одной и той же исходной публикации.

ссылка на данный комментарий
2007-03-09 20:37:29

> И еще, комментарий Максиму по поводу слова «статистический», а конкретно, путаницы терминов «статистическая физика» и «статистический анализ». В статье использовались методы статистической физики.

В граневской заметке написано буквально следующее: “статистических методов, применяемых в физике” (здесь в комментариях я был, может, более небрежен…). Впрочем, я допускаю, что такое словосочетание тоже режет слух в данном конкретном контексте… Ну, исправлю… Хотя в самих статьях (или пр.-рел.) я, кажется, видел что-то вроде “статистической механики”, поэтому рука дрогнула, написал что-то более невнятно-уклончивое…

> Кстати, сравнив две статьи, я поразился больше всего тому, насколько разные тексты можно написать по одной и той же исходной публикации.

Это скорее “заслуга” пресс-релизов и National Geographic, ну и моей “дообработки” в этом направлении (в меру понимания). Надо думать, в статьях в научных журналах Дим и Co не отваживались высказывать пока какие-то более революционные идеи, а вот в интервью это у них вполне прорвалось… А меня как… ну как журналиста, если угодно, понятное дело, в гораздо большей степени двигает то, что происходит уже “по следам” оригинальной статьи :-)

ссылка на данный комментарий
2007-03-09 21:13:39

Так в том-то и дело, что статистическая физика (ну можно сказать, механика) и математическая статистика (статистические методы обработки данных) — это сильно разные вещи. Т.е. для людей, которым эти слова что-то говорят, замена одного другим кардинально меняет смысл. А людям, которым эти слова ничего не говорят, замена не улучшит понимания.

ссылка на данный комментарий
2007-03-09 21:20:05

Ну в общем да, конечно, просто чтоб констатировать наличие какой-то статистики-математики, не нужно быть “в теме”, а чтобы иметь уверенность в том, что речь идет именно что о статистической физике, такую уверенность уже нужно иметь, иначе лужа обеспечена :-)

 
 
 
 
ссылка на данный комментарий
2007-03-09 21:20:56

> Кстати, мне тоже хотелось бы увидеть такую разборку своей
> новости от Александра Чубенко. (И.Иванов)
“Своей новости” - это “Горизонтальный перенос генов приводит к новому режиму эволюции”? Я ее, получив с рассылкой “Элементов”, просмотрел настолько бегло, что даже не вспомнил, читая Максимов текст. Тем более что мой узкий интерес - прикладные биотехнологические работы, ну в крайнем случае со словами “авторы, поиграв с клеточными культурами, планируют начать эксперименты на животных”.
Сейчас просмотрел (!) намного внимательнее - снимаю шляпу.
Единственный недостаток - изложено тяжеловато, но и тема такая, что можно не выворачиваться наизнанку в попытках изложить ее для простецов: даже неспециалисты, интересующиеся проблемой эволюции и ее моделирования, разберутся. Т.е. этот пересказ - “для умных”. На самом деле можно было бы и его упростить для чайников, не слишком примитивизируя (для начала - удалив ссылки), но такую задачу автор (И.И.) перед собой не ставил.
И как в капле воды видна разница между подходами в научпопжурналистике (на самом деле оба оправданы и общеприняты!):
одно дело - пересказывать оригинальный текст ,
а другое, на что наступил Максим - взять за основу пресс-релиз - и тут-то можно вляпаться в ляпы, написанные полным придурком - как я окончательно убедился, прочитав (сложный, но мне с некоторым напряжением понятный) пересказ таки ж оригинала.
Избежать такой ошибки - довериться некомпетентному изложению в релизе - действительно трудно, особенно если приходится писать о горизонтальном переносе генов, заново переводя этот неизвестный термин с американского :)
Т.е. общий вывод, повторю - или писать на темы, в которых можешь отличить зёрна от лажи, или, для малознакомых тем, брать только гарантированные источники (на ЕврекАлерте, Физорге и тем более в Ньюс@Nature грубые ляпы встречаются очень редко - хотя бывают!), или прогрызаться через собственно научную статью.
Последнее - очень трудно! Я вот получаю Nat.Biotech. и каждый месяц радуюсь их методу подачи материалов: по самым интересным статьям на первых страницах - сначала типа абстракт на 1,5-2000 зн., в середине - популярный (для умных, на уровне разбираемой статьи Игоря) пересказ, а потом - собственно научная статья, в которой я просматриваю картинки, если они цветные :(
Всё! Let’s drink for business & sex, т.е. за успехи в труде и щастье в личнай жизне!

 
ссылка на данный комментарий
2007-03-20 15:27:22

Очень интересный разбор. Прежде чем его читать распечатал первоначальный текст и попробовал попридираться к нему сам. Процент пересечения с замечаниями Александра оказался довольно высоким.

А я ни в коей мере не специалист. Моя подготовка - это внимательное чтение нескольких хороших научно-популрярных книжек, два года мониторинга новостей и периодическое копание в интернете по отдельным заинтересовавшим вопросам.

Думаю, тут вопрос опыта, который набирается как раз на ошибках. Именно поэтому мне не нравится вывод:

Общий вывод — пиши про физику-астрономию, а если очень хочется про биологию и др. науки, о которых у тебя представления общеобразовательные — то выбирай абсолютно надежные источники.

Научный журналист за редкими исключениями не может себе позволить узкую специализацию. Хотя бы потому, что узкая тема, если ты не работаешь в ней как исследователь, неизбежно приедается, в ней просто недостаточно часто происходит что-то дающее новые впечатления. Поэтому надо поддерживать общую журналистскую квалификацию по самому широкому кругу тематик. А для этого необходимы обзоры, консультанты и непременно чуткость к их профессиональному языку. Иной раз ведь даже не понимая толком, о чем речь, можно заметить подвох на одном языковом чутье. А когда заметил, остальное уже дело техники.

ссылка на данный комментарий
2007-03-20 20:58:25

Конечно, нельзя не согласиться, что в тексте Максима есть, выражаясь языком теннисистов, несколько “невынужденных ошибок”. Это ошибки и неточности, которые легко можно было избежать, чуть-чуть полистав литературу, и которые Вы заметили на основе общенаучного образования.

Но представьте, что их не было бы; стала бы тогда новость существенно лучше? Именно как новость, а не просто вводный текст о горизонтальном переносе генов?

Мне кажется, нет. Дело в том, что тот английский текст, с которого переводил Максим, уже был крайне далек от изложения самой работы, и точный перевод не сделал бы его ближе к статье. Мой текст был написан по оригинальной статье и — при всей его тяжеловесности — прямо отражает суть работы. Мне кажется, это обсуждение — редкий по своей наглядности пример того, насколько далеким от исходной работы может стать новость, если писать её по чужому пресс-релизу.

И еще добавление, предупреждающее выдвигаемое в n-ный раз возражение журналистов. Я (уже) не пытаюсь убеждать научных журналистов читать оригинальные статьи. Я лишь хочу, чтоб из такого типа ситуаций, как эта, делались правильные выводы (даже если прямо сейчас ситуацию не изменить).

ссылка на данный комментарий
2007-03-20 23:43:51

Именно как новость, а не просто вводный текст о горизонтальном переносе генов?

В случае популярной науки вопрос “новость или не новость” нельзя понимать слишком прямолинейно. Сутью научно-популярной новости совершенно не обязательно должно быть то, что является новостью для самих ученых. Как правило, эта “настоящая” новизна является лишь информационным поводом, которым пользуются для того, чтобы освежить в сознании аудитории окружающий научный контекст.

Это надо делать в разных СМИ, в каждом неоднократно и разными словами. Только после десятков, если не сотен, таких публикаций на протяжении 2-3-5 лет контекст более или менее интегрируется в массовый научно-популярный бэкграунд. Но и после этого время от времени нужно при случае освежать тему, поддерживать ее в массовом сознании.

Так что, по сути, вы правы - статья Максима именно о горизонтальном переносе. Если даже для него эта тема еще свежа, что уж тут говорить про аудиторию. И то, что специалисты говорят об этом 50 лет, нечего здесь не меняет.

Я (уже) не пытаюсь убеждать научных журналистов читать оригинальные статьи. Я лишь хочу, чтоб из такого типа ситуаций, как эта, делались правильные выводы

Правильный вывод, на мой взгляд, такой: читать оригинальные статьи нужно (особенно обзоры), прояснять туманные вопросы у специалистов-консультанов тоже нужно. Но это делается, как правило, не при работе над конкретной заметкой, а в режиме фонового повышения квалификации. И тогда отбор пресс-релизов становится лучше и их трактовка точнее. А при случае действительно можно уточнить некоторые вопросы по оригинальной статье (если получится ее достать, но уже другой, не менее важный вопрос).

ссылка на данный комментарий
2007-03-22 02:13:36

Сутью научно-популярной новости совершенно не обязательно должно быть то, что является новостью для самих ученых. Как правило, эта «настоящая» новизна является лишь информационным поводом, которым пользуются для того, чтобы освежить в сознании аудитории окружающий научный контекст.

Эти общее рассуждение к данному случаю не относится.

Одно дело, когда кратко сообщается суть свежей работы и затем идет популярное описание области исследования в целом — с таким жанром вполне можно согласиться. Другое дело, когда настоящая суть работы не сообщается вообще, вместо этого даются только самые-самые начала этой темы, но при этом рефреном повторяется, что это и есть суть работы.

Это претензии не к новости Максима, а к тексту пресс-релиза и заметки в National Geographic News. Я понимаю, что журналистам в процессе образования прививают пиетет к пресс-релизам, но в данном случае пресс-релиз совсем не коррелирует с самой статьей. Вы прочтите хотя бы абстракт в PRL. Суть работы: из-за ГПГ в математической модели эволюции полинуклеотидных цепочек возникает новый, метастабильный режим. А теперь сравните его с утверждениями, сделанными в пресс-релизе и тем паче в National Geographic News, и увидите, что суть работы не отражена в них вообще.

А Максим в этом смысле подневольный человек — что есть, то и переводит. Одно дело, если бы он сознательно решил уделить побольше места не свежей работе, а контексту. Так ведь беда в том, что он, как мне кажется, полагал, что в исходнике написано именно про суть работы! И он просто разбавлял эту псевдосуть общими словами. В результате вместо вкусного чая получилась “третья производная от заварки”.

Это прекрасный пример испорченного телефона. Тут уже на втором шаге текст получается такой, что совершенно пропал смысл оригинальной работы, но зато появилось много фактических ошибок.

И такие примеры встречаются постоянно. Вот в соседней теме Максим приводил ссылки на странные сообщения про пятое состояние вещества. Это вообще стандартная черта кратких новостей науки, по крайней мере в русскоязычных СМИ: исходная суть работы напрочь отсутствует, а за нее выдаются в лучшем случае общие слова, а в худшем — полный бред. Не понимаю, зачем выступать в защиту такой тенденции.

 
 
 
 
ссылка на данный комментарий
2007-03-20 23:27:03

И ты, матушка, тоже права…
Вот вчера наткнулся на ньюсу о разуме одноклеточных дафний и о памяти _бактерий_ рода Amoёba - и так заплакалъ!
И не в Нью Сру, а в СиНьюс R&D - у меня к ним и раньше претензий была куча, а тут - ну так в мукУ и в лужу…
Фииизикам прощаю непонимание глупости формулировки “амебы - это бактерии”, но что дафнии - не микроорганизмы…
При том что ньюса из попу ляризованных пресс-релизов отпопу ляризована боле-мене ОК.
А результат - типичный пример того, о чем сочинил максиму тов. Ларошфуко, Франсуа де: “Нет более несносных глупцов, чем те, которые не совсем лишены ума.
Отперловал, рыдая - кому интересно, поглядите. Очень вписывается в обсуждаемую здесь и ваще больную тему:
Простейший микроорганизм дафния с одноклеточными мозгами

 
ссылка на данный комментарий
2007-03-21 02:19:56

Да, еще небольшой комментарий по поводу того, кто такой этот Дим.

АЧ писал:
Взятая тобой для пересказа статья – для чайников, со всеми недостатками научпопсы (начиная с написанной явно второпях фразы «…said Michael Deem, the John W. Cox Professor in Biochemical and Genetic Engineering and professor of physics and astronomy». Дим – физик-астроном, а биолог – Кокс.

МБ писал:
[Необходимое, на мой взгляд, примечание: для меня статус Дима так и остался недовыясненным. То, что он профессор физики и астрономии, я сразу нашел и понял …

Вот персональная страничка Дима. Судя по его исследованиям, по его публикациям, по перечислению его позиций, видно, что он биохимик или что-то в этом роде. Далее, John W. Cox Professor — это просто титул, локальная премия Райс университета, типа “Соросовского профессора” локального масштаба. (Это всё в инете быстро находится.) При чем тут физика с астрономией — могу только предположить, что Александр Чубенко просто неаккуратно прочел огранизацию, из которой Дим “Department of Physics & Astronomy and Department of Bioengineering“, и увидел в ней лишь первую половину названия. А физик в этой паре был второй автор: J.-M. Park.

ссылка на данный комментарий
2007-03-21 03:03:54

Ну я в результате именно так все и понял :-)

 
 

В данный момент вы не можете комментировать это сообщение!

Войти